Articles of Biofisica

Qual è la risoluzione strutturale minima per simulazioni di dinamica molecolare affidabili di biomolecole?

Dipende da quanto affidabile e su quale scala vuoi andare. Se vuoi solo prendere la struttura dei raggi X ed eseguire MD classica dopo alcuni passaggi di preparazione standard, dimentica le strutture con una risoluzione peggiore di 3.0-3.5 A. Anche in questo intervallo probabilmente dovrai eseguire alcuni cicli di modellazione e catena laterale riempire, così […]

Quanto sono adatti i campi di forza macromolecolari a grana grossa per eseguire il ripiegamento delle proteine?

I modelli a grana grossa (CG) possono essere usati per studiare aspetti del ripiegamento delle proteine ​​come la cinetica pieghevole o la termodinamica delle proteine ​​globulari (insieme ai dati sperimentali), ma naturalmente ci sono dei limiti. Uno dei primi studi fu nel 1975 da Levitt e Warshel usando una mappatura a 2 sfere della proteina […]

In che modo “druggable” sono le proteine ​​dei pori nucleari come bersaglio per la SLA?

La tua domanda mette il carrello davanti al cavallo. In questo momento il cavallo è fondamentalmente in-utero, quindi non tirerà il carrello in qualunque momento presto. È necessario molto lavoro prima che i prodotti farmaceutici basati su questi studi raggiungano il mercato. Innanzitutto, gli esperimenti dovrebbero essere confermati indipendentemente. Quindi, deve essere chiaramente determinato se […]

È vero che un organismo morente produce un lampo rivelatore di radiazioni elettromagnetiche?

Ho sentito parlare di un fenomeno correlato, che le mosche sono attratte da un corpo umano entro un minuto dalla morte. Il problema con entrambe le teorie è che presuppongono che ci sia un “momento della morte”. A volte c’è, come in un incidente aereo, ma di solito ci vogliono almeno alcuni minuti. Ad esempio, […]

In che modo l’ingegneria chimica è correlata all’ingegneria biomedica. Quali campi si può perseguire in esso?

Grazie per A2A! 🙂 La differenza fondamentale è che il campo ingegneristico di ingegneria chimica (C) CORE mentre l’ingegneria biomedica (B) un campo INTER-DISCIPLINARE. Unirsi a C ti darà una ricerca di maestria per il particolare campo dell’ingegneria chimica. Avrai fiducia e sarai concentrato su un argomento particolare nel suo complesso. Le prospettive di lavoro […]

La biofisica e la biochimica sono effettivamente la stessa cosa con confini minimi o nulli?

No – la biochimica è un’area di ricerca che si concentra sui processi molecolari rispetto alla biologia. La biofisica, tuttavia, è un modo di pensare alla ricerca. La biofisica in sostanza comporta l’applicazione di analisi quantitative ai sistemi biologici e viene utilizzata in un’ampia gamma di aree, tra cui biologia cellulare, neurobiologia, biologia dei sistemi […]

Cosa succede al potenziale di membrana a riposo, a breve termine (secondi) ea lungo termine (minuti) quando si tratta di anossia?

Uno dei miei professori ha scritto un articolo su questo usando neuroni piramidali dalla corteccia del ratto. L’assone gradualmente depolarizza. Dopo circa 60 secondi di anossia totale, l’assone si è depolarizzato a sufficienza da iniziare a sparare. Si sparerà circa 3000 volte (3000 potenziali d’azione), e quindi ha esaurito il gradiente di ioni. Ora è […]

È possibile ottenere informazioni strutturali a singola molecola a livello atomico da un insieme di molecole interagenti?

Giusto per essere chiari, gli esperimenti di “singola molecola” non sono mai fatti realmente con singole molecole. In effetti, è il nome ad essere altamente fuorviante: siamo interessati all’esecuzione di esperimenti di molecole discreti, ovvero esperimenti in cui un gruppo di molecole come una popolazione di individui discreti viene osservato piuttosto che come un insieme […]

Con quale frequenza un lipid può capovolgere da un lato all’altro di un doppio strato?

La frequenza effettiva dipende dal tipo di lipidi e dal metodo utilizzato, ma la maggior parte delle misure di lipid flip-flop in assenza di flippas convergono intorno a k = da 1 a 2e-5 al secondo, o circa una volta ogni 1-2 giorni. [1 , 2,3,4]. DAG e Ceramide sono un’eccezione. Il tasso di flip-flop […]

Voglio contribuire a far progredire la nostra comprensione del ripiegamento delle proteine. Dovrei concentrarmi sul miglioramento delle simulazioni, della lettura dei dati o di qualcos’altro?

Dipende da quale parte vuoi contribuire. È possibile scegliere di migliorare le simulazioni e la sequenza -> strutturare le previsioni meglio, oppure è possibile fare esperimenti per comprendere il processo di piegatura in un dato sistema.